Karel Černý se na Fakultě humanitních studií Univerzity Karlovy v Praze věnuje sociologii, teoriím sociální změny a sociologii konfliktu, války a terorismu. Tematicky se zabývá především problematikou nestability současného Blízkého východu, ale také muslimskými menšinami v západních společnostech (včetně Česka) a souvisejícím tématem migrace a integrace obyvatel z převážně muslimských zemí na Západ. Absolvoval semestrální badatelský pobyt na Petrohradské státní univerzitě v Rusku (2005) a kratší badatelské pobyty v Izraeli nebo Íránu. Zejména po začátku tzv. arabského jara realizoval několik terénních výzkumu v Egyptě, Tunisku nebo Iráku. V rámci Fulbrightova stipendia pobýval na Kalifornské univerzitě v Santa Barbaře (2011-2012), kde se zabýval problematikou amerických muslimů. Za svou knihu Svět politického islámu získal Cenu Jaroslava Krejčího (2012). Kromě toho je autorem či spoluautorem dalších knih a monografií.
