Weir se narodil v Kalifornii jako syn fyzika a inženýrky, takže zájem o sci-fi měl v podstatě v genech. Když mu bylo osm let, jeho rodiče se rozvedli. Weir vyrůstal na klasickém sci-fi - například na pracích Athura C. Clarka a Isaaca Asimova.
V pouhých patnácti letech začal jako programátor pracovat pro Sandia National Laboratories. Na Kalifornské univerzitě v San Diegu studoval počítačové vědy, nakonec však školu nedokončil.
Pracoval jako programátor pro několik softwarových společností jako AOL, Palm, MobileIron a Blizzard, kde pomáhal vytvořit světově proslulou hru Warcraft II. Světově se proslavil románem Marťan, který Ridley Scott v roce 2015 převedl na filmová plátna.
